Rønninge kirke er opført i 1200-tallet. Siden er kirken om og udbygget flere gange. Flere steder kan man se rester fra tidligere versioner af kirken. Bl.a. udgør syd- og nordmuren i det nuværende hovedskib grundplanen af den oprindelige kirke.
Blyantstegning ved Ferdinand Richardt 1867
I 1688 blev kirken solgt af Kronen til den daværende ejer af Rønninge Søgård, Knud Urne til Juulskov (1634-1705), og fulgte siden de skiftende ejere af herregården, indtil den 1916 overgik til selveje.
I den tid brugte de skiftende ejere af Rønningesøgaard sideskibet som privat familiegravkapel. Indtil der i 1838 startede en strid om brugsretten til sidekapellet. Der var ikke længere plads til både kister og stole. Striden ophørte først i 1857 ved Hofjægermester J. J. Mylius død.
I hans testamente gjorde han ønsket gældende om at opføre et gravkapel for sin familie ”I en til Hovedgaarden Rønningesøgård tilhørende Lystskov”. Kapellet blev opført i 1859, og familiens kister blev hensat her. De resterende 38 kister fra kirken blev nedsat i den nye assistentskirkegård, der blev indviet i 1861.
Under et større istandsættelsesarbejde i 1991-92 blev der blotlagt en del gemte kalkmalerier. Mange helt utydelige, men de bedst bevarede er dog blevet fremdraget.
Kirkens senmiddelalderlige kalkmalerier blev antagelig overkalket i 1580’erne på foranledning af Caspar Markdanner, som var daværende ejer af Rønninge Søgård. 1919 blotlagdes malerier i tårnets hvælv, der dog atter overkalkedes, inden en konservator kunne besigtige dem. Først i 1991-93 under en omfattende afdækning og restaurering kom hovedparten af malerierne frem. De ældste kalkmalerier er formentlig nogle ejendommelige, kvadratiske indvielseskors, der nok må henregnes til 1460’erne.
Kalkmaleri ca. 1460
Kalkmaleri af korsfæstelsen ca. 1773
Kilde VisitKerteminde og DanmarksKirker.